JAGESでは、医歯薬学・栄養学・社会医学・社会学・心理学・体育科学・経済学・建築学など、様々な分野の研究者が集い、JAGESデータを用いた横断的な研究プロジェクトを行っています。
JAGESは公的研究助成を受けて市町村との共同研究として進められているため、収集したデータをセミオープン化しています。データ収集に関わっていない研究者の方もJAGESの目的に沿う公益性が高い研究計画であれば、申請によってデータを利用していただき、JAGESとの共同研究に取り組んでいます。

地方公共団体における政策マネジメントに資する研究や、国の政策の方向性の決定に資する研究を行っています。

JAGESプロジェクトでは、「横断研究」「縦断研究（コホート研究・パネル研究）」「自然実験」の研究を行っています。

横断研究
一時点のデータを用いて、関連を検索する研究です。 （例を見る）

縦断研究
対象者を追跡して分析することで、時間的な前後関係から因果関係に迫る研究です。 （例を見る）

• コホート研究：一時点の調査データとその後の死亡や要介護認定データを用いて分析する研究です。
• パネル研究：同じ対象者に２回調査をしてその間の変化を分析する研究です。

自然実験
自然災害前後の高齢者の健康や社会生活の変化を捉え、災害前のソーシャル・キャピタルが健康を保護する効果を検証する研究です。

地域における健康づくりを実践する上で有用なプログラムづくりやプラットフォームづくりに関する研究を行っています。

データに基づく地域づくり型の介護予防（高齢者の健康増進と健康格差対策）を進めるための実践的エビデンスを提供する研究を行っています。

JAGESプロジェクトおよびJAGES HEARTを国や地域レベルのプログラムや政策に活用することについて文書化・分析を推進する研究を行っています。